根據細菌的形狀可以將其分球菌、桿菌和螺旋菌三類。細菌是自然界分布廣、個體數量多的單細胞生命體。大多數已知細菌的直徑在0.4至2微米之間，長度在0.5至5微米之間。所以看細菌顯微鏡一般選擇放大倍數能達到1000X的生物顯微鏡。另外根據不同觀察方式選擇暗視野生物顯微鏡、相襯相差生物顯微鏡、熒光顯微鏡。
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